基于短读段的算法在将短读段比对到长读段上并进行错误纠正时，主要采用以下几种方法：
1. 比对和纠错：将同一物种的短读段比对到长读段上，并利用能够比对上的、且错误率低的短读段来进行错误纠正[6]。这种方法通过比对短读段和长读段之间的相似性，识别出长读段中的错误位置，并进行错误纠正。
2. 组装和纠错：将长读段比对到同一物种的短读段组装后的de Bruijn图上，以此进行错误纠正[6]。该方法将长读段分割为不交叉的短读段，并利用短读段组装得到的图进行纠错。
3. 只基于长读段的纠错：这类算法采用的策略各不相同，如将长读段比对到由这些长读段自己构建的de Bruijn图上，通过一些策略进行纠错，或通过寻找长读段的多个比对结果来纠错[6]。这种方法主要依赖于长读段本身的信息进行纠错。
综上所述，基于短读段的算法将短读段比对到长读段上并进行错误纠正的方法主要包括比对和纠错、组装和纠错以及只基于长读段的纠错。这些方法通过利用短读段和长读段之间的相似性，识别和纠正长读段中的错误位置，从而提高了长读段的准确性和可靠性。