bam

#首先设置所用程序的路径 samtools='samtools的路径' geneBody_coverage='geneBody_coverage.py的路径' bedFile='hg38_GENCODE_V42_Comprehensive.bed文件的路径' #然后，获取bam文件列表并进行排序 f ......

001、使用命令 及生成结果 samtools flagstat -@ 56 ERR3143219.sort.bam > flagstat.txt ## samtools flagstat统计 002、输出结果解读 (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat fla ......

001、make 编译报错如下：bam2wig.c:12:10: fatal error: bgzf.h: No such file or directory 002、查找该文件 (base) [root@pc1 Augustus-3.5.0]# find / -name "bgzf.h" ## 查 ......

001、make编译报错如下：bam2hints.cc:16:10: fatal error: api/BamReader.h: No such file or directory 002、在系统中查找该文件 (base) [root@pc1 Augustus-3.5.0]# find / -nam ......

转载 2022-006 在bam中检查指定突变 SSSimon Yang 个人微信公众号 SSSimon Yang ​关注他 2 人赞同了该文章 需求 检查突变在bam文件中存不存在。 注意：以下操作均需要bam文件按坐标排序并建立索引。 $ samtools sort -@ 24 -o sorte ......

001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls ERR2985610.sorted.markdup.bam ## 1 线程 (base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 1 ERR298561 ......

001、 (base) [b20223040323@admin1 batch_test02]$ ls ## 测试sam文件 template.slurm test.sam (base) [b20223040323@admin1 batch_test02]$ cat template.slurm ## ......

建库过程PCA扩增过程中引入重复序列，会对变异检测结果产生影响，重复的DNA片段会比对到参考基因组的相同位置，根据这一特点来进行去重复。 001、gatk（picard标记重复） gatk MarkDuplicates -I sample01.sorted.bam -O sample01.sorte ......

001、 按照默认方式排序，并输出bam samtools sort -o output.bam input.bam 002、 按照read name方式排序，并输出bam amtools sort -n -o output.bam input.bam 。 ......

001、生成统计文件 [root@PC1 test01]# ls ## 测试bam文件 SRR21814498.sorted.bam [root@PC1 test01]# samtools flagstat SRR21814498.sorted.bam > stat.txt ## 生成统计文件 [r ......