SimpleITK
SimpleITK 获取二值图像bbox
1 sitk_ seg_ img = sitk . ReadImage( m ) 2 bbox =get_ bbox_ from mask(sitk_ seg_ _img) 3 4 def get_bbox_from_mask(bin_mask): 5 # One is : sitk.LabelSh ......
SimpleITK 重采样数据到固定尺寸
1、resampleSize这个重采样不是重采样Spacing ，却是重采样size，为了达到所有的数据一致的size 例如：(880, 880, 12) 采样统一的（880，880，16） 因为假如3DUnet网络数据设置了输入格式为(N, C, 16, xxx,xxx), 可以把每个数据的siz ......
SimpleITK 图像配准
SimpleITK 图像配准 在网上找的资源，效果不佳，等清楚了函数和原理再细改，调试效果。 1 # -*- coding : UTF-8 -*- 2 # @file : regist.py 3 # @Time : 2021-11-12 17:00 4 # @Author : wmz 5 6 imp ......
SimpleITK 三维图像分析
1、去除3D 小连通域 在一些计算机视觉任务中，需要对模型的输出做一些后处理以优化视觉效果，连通域就是一种常见的后处理方式。尤其对于分割任务，有时的输出mask会存在一些假阳（小的无用轮廓），通过3D连通域找出面积较小的独立轮廓并去除可以有效地提升视觉效果。 二维图像连通域一般包括 4连通、8连通。 ......
SimpleITK 图像对齐
1、使用SimpleITK对齐图像在看voxelmorph的代码，看到图像对齐部分，记录一下。下面是从voxelmorph项目中截取的一段保存图像的函数。函数输入分别是：配准后的图像、固定图像、要将配准图像保存的名字。将图像对齐的操作需要将对齐的图像的原点、方向、间距设置成与 被对齐的图像一致。 1 ......
SimpleITK 读写nii.gz文件
1、读写nii.gz文件 1 ## using simpleITK to load and save data. 2 import SimpleITK as sitk 3 itk_img = sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz') 4 img = sitk.GetArray ......
SimpleITK 简单使用
SimpleITK ITK是一个开源、跨平台的框架，提供给开发者增强功能的图像分析和处理套件（推荐使用）。 Note:注意SimpleITK不支持中文，即路径中不能有中文 X射线图像对应的读取 1 # @file : itk_p1.py 2 # @Time : 2021/8/28 16:27 3 # ......