RNA
易基因： RNA m7G甲基化修饰的生物学功能及其在癌症中的作用｜综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 m7G修饰是RNA转录后修饰之一，存在于许多不同类型的RNA中。通过对RNA中m7G修饰的准确鉴定，揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。越来越多的证据表明，m7G修饰在癌症发生中至关重要。本文综述了m7G的检测技术、分布、 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A RNA甲基化以ABA依赖性方式调控草莓果实成熟
DNA甲基化等表观遗传标记在调控不同成熟阶段果实成熟中起着关键作用。m6A甲基化已被证明可以调控番茄成熟，但目前尚不清楚 mRNA m6A甲基化是否对不同类型水果的成熟调控具有功能保守性。 2021年6月，中国科学院植物研究所秦国政研究组在《Genome Biology》杂志发表题为“N6-meth ......
DNA | RNA | Protein | 提取 | 纯化 | 定量
这算是wet lab实验室最为基本的技能了。 基因克隆，从Ecoli里提取质粒，不要忘了加RNase，否则在做gateway cloning的时候RNA会抑制LR反应。 不同用途的实验对DNA、RNA、Protein的纯度要求是不一样的，这你要自己去摸索，比如普通Lentivirus packagi ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制｜研究速递
双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中，双膦酸盐类药物已经引起了严重的副作用。 m6A甲基化在骨代谢疾病 ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中， ......
Bulk RNA-seq process
目的： 对illumina数据进行处理，利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点，或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据，通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备： 数据下载： Human genome(GR ......
python中实现RNA序列的翻译
001、 利用循环结构实现 [root@PC1 test01]# ls a.fa test.py [root@PC1 test01]# cat a.fa ## 测试RNA序列 AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA [root@PC1 ......
python中将DNA链转换为RNA链
001、利用循环结构 [root@PC1 test01]# ls a.fa test.py [root@PC1 test01]# cat a.fa ## 测试DNA序列 GATGGAACTTGACTACGTAAATT [root@PC1 test01]# cat test.py ## 转换程序 #! ......
生信：RNA-Seq 比对工具性能比较 [STAR、Tophat2、HISAT2]
# RNA-Seq **比对**工具性能比较 参考文章： > https://yanzhongsino.github.io/2021/11/19/omics_transcriptome.RNA-seq/ > > https://www.biostars.org/p/288726/ ## 比对 (al ......
生信：一起学生信分析 RNA-Seq上游 篇
# 一起学生信分析 RNA-Seq上游 篇 参考文章： > https://zhuanlan.zhihu.com/p/345896914 > ## RNA-Seq分析介绍 转录组是指某特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够**从整体水平**研究**基因功能**以及基因结构，揭示特定生物学 ......
易基因：m5C RNA甲基转移酶及其在癌症中的潜在作用机制｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，5-甲基胞嘧啶（m5C）RNA修饰已成为通过编码和非编码RNA调控RNA代谢和功能的关键参与者。越来越多的证据表明，m5C可以调控RNA稳定性、翻译、转录、出核和切割，以及介导细胞增殖、分化、凋亡、应激反应和其他生物学功能。人的 ......
易基因：RNA-BS揭示叶酸调控神经干细胞m5C修饰和mRNA翻译机制｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 叶酸作为一种必需B族维生素，是一种具有重要生物学功能（包括DNA甲基化调控）的甲基供体。正常的神经发育和生理对细胞叶酸水平很敏感，而叶酸缺乏或过量都可能导致神经系统疾病。最近已有研究表明叶酸与哺乳动物线粒体中tRNA m5C修饰和翻译有 ......
RNA-seq中的那些统计学问题
<a name="data-preprocess"><h2>1. 数据预处理 [<sup>目录</sup>](#content)</h2></a> <a name="filt-low-exp-genes"><h3>1.1. 过滤低表达的基因 [<sup>目录</sup>](#content)</h3 ......
RNA组成
RNA（核糖核酸）是一种生物分子，类似于DNA，也是由核苷酸组成的。 RNA分子由三个部分组成：一个磷酸基团、一个五碳糖（核糖）以及一个氮碱基。 与DNA不同的是，RNA中的糖是核糖（ribose），而不是DNA中的脱氧核糖（deoxyribose）。 此外，RNA中的氮碱基有腺嘌呤（adenine ......
易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 多倍体是被子植物基因组进化中的一种持续现象，有助于现存开花植物的多样性。甘蓝型油菜（Brassica napus）是世界上最重要的被子植物油料作物品种之一，起源于Brassica rapa（An）和Brassica oleracea（C ......
RT-qPCR protocol | RNA定量
步骤： 引物设计，primer design； 分离RNA，RNA isolation； 反转录，RT phase； 定量，qPCR phase； 所用试剂和耗材： RNeasy Plus Micro Kit (50) RT Master Mix Kit Power SYBR™ Master Mix ......
针对第三代RNA测序长读段的比对算法研究
针对第三代RNA测序长读段的比对算法研究 李琪 桂林电子科技大学 摘要：随着第三代测序技术的日益成熟以及广泛应用,长序列比对成为正在兴起的研究领域。在转录组学研究中,将RNA长读段比对定位到参考基因组中,是对第三代RNA测序数据进行分析的关键一步,其准确性对差异基因表达、RNA编辑和融合基因的检测等 ......
LAS、CTC、RNA、RNN-T 等
这些都是大名鼎鼎的 seq2seq model。 本文可看作是台大李宏毅教授 DLHLP 课程的学习笔记，学习传送门：https://www.bilibili.com/video/BV12T411X7Nz/ 1 Listen，Attend and Spell（LAS） paper：https://a ......